Школа №59 была открыта в 1963 году. В 1992 году по инициативе педагогического коллектива в установленном порядке была реорганизована в школу-лицей. МОУ Лицей № 59 с 1995 года работает в статусе муниципального учреждения повышенного уровня образования. С этого времени лицей становится членом Ассоциации инновационных школ, участником многих образовательных проектов. Инновационная деятельность лицея №59 в развитии:
Присвоение статуса "Федеральная экспериментальная площадка" - 1998 год.
Реализация проекта социально-педагогического эксперимента по теме "Построение новой организационной культуры развивающейся школы через развитие культуры управления" - 2000 год.
Присвоение статуса инновационного центра повышения квалификации по проекту «Повышение проектной культуры руководителей образовательных учреждений» - 2001 год.
Проект «Социально-педагогическая адаптация «неорганизованных детей» дошкольного возраста к обучению в школе» - 2003 год.
Проект «Сетевая образовательная программа «Самая южная точка России» - 2004 год.
Участники проекта «Ассоциированные школы издательства «Просвещение» - 2004 год.
Проект «Модернизация организационно-экономических механизмов управления образовательным учреждением» - 2005 год.
Победитель конкурса инновационных школ России в рамках приоритетного национального проекта « Образование»- 2006 год.
Эффекты реализации образовательных проектов:
2007 г. – победитель конкурса инновационных образовательных программ в рамках ПНПО за эффективную организацию сетевой модели деятельности ресурсного центра;
2007 г.- победитель 5-го Международного конкурса им. А.С. Макаренко за модель учебно-предпринимательской деятельности «Школьное туристическое агентство»
2010 г. – победитель конкурса на лучшую организацию школьного питания в ОУ г. Сочи;
2011 г. – победитель Всероссийских спортивных соревнований школьников «Президентские состязания»;
2011 г. – участие в пилотировании инновационных учебно-методических комплексов по Олимпизму и Паралимпизму;
2011 год- победители районной Спартакиады « В здоровом теле - здоровый дух» среди учащихся 9-11 классов;
2011 год- 1 место по минифутболу, команда лицея вошла в зачет Всекубанской Спартакиады по игровым видам спорта « Спортивные надежды Кубани»;
2011 год - в городском этапе 14-го Краевого смотра допризывной молодежи по легкоатлетическому кроссу на дистанцию 1 километр, команда лицея под руководством заняла 3 место.